是原生生物界的一门，为最原始、最简单、最低等的生物。
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原生动物是世界上最原始、最低等的一类动物，它们绝大多数是一个细胞的生物体。原生动物细胞组成类似多细胞动物，可分为细胞膜、细胞质、细胞核。为了独自完成营养、排泄、呼吸、生殖及对外界刺激作反应，原生动物具有特化的胞器来执行上述机能。生物处理系统内常见的原生动物依动物器官可分为三类：鞭毛虫纲@@@@@Mastigophora@@@@@：具鞭毛一至多根，利用鞭毛摆动而运动，如波豆虫@@@@@Bodo sp@@@@@、滴虫@@@@@Monas sp@@@@@、侧滴虫@@@@@Pleuromonas sp@@@@@、眼虫@@@@@Euglena sp@@@@@、线鞭虫@@@@@Peranema sp@@@@@。@@@@@肉足虫纲@@@@@Sarcodina@@@@@：以细胞质形成伪足运动，常见的有变形虫@@@@@Amoeba sp@@@@@、简变虫@@@@@Vahlkampfia sp@@@@@、蕈顶虫@@@@@Arcella SP@@@@@、鳞壳虫@@@@@Euglypla sp@@@@@。@@@@@纤毛虫纲@@@@@Ciliata@@@@@：以纤毛或纤毛集合的棘毛为运动胞器，具有大核和小核两种细胞核，前者和RNA合成有关，后者为生殖核。种类极多，结构最复杂。例如：板壳虫@@@@@Coleps sp@@@@@、管叶虫@@@@@Chilodonella sp@@@@@、吸管虫@@@@@Tokophrya sp@@@@@、草履虫@@@@@Paramecium sp@@@@@、钟型虫@@@@@Vorticella sp@@@@@、累枝虫@@@@@Epistylis sp@@@@@、楯纤虫@@@@@Aspidisca sp@@@@@、游仆虫@@@@@Euplotes sp@@@@@。由于各种原生动物对环境的需求不一，因此观察生物处理系统内原生动物的种类及数量，可以大致了解处理状况，原生动物可作为生物指标。某些原生动物对毒性物质相当敏感，若经由显微镜观察到此类生物停止活动或死亡，这表示生物处理系统遭受毒性物质侵入或系统操作失当。