台北大巨蛋案引发争议，台北市政府廉政委员会2015年5月11日公布调查报告指控台湾领导人马英九在台北市长任内图利财团，建议移送检调，此举遭到国民党立委批判，形容柯文哲私设刑堂，就像鞭尸。大巨蛋案仅是台北市政府通过廉政委员会调查的联合开发案之一，其它类似的案件还包括了双子星案、松烟案、美河市案等等。
大巨蛋这类基本由官方提供公有或征收来土地与财团联合开发的案件，遭到质疑作为提供土地的台北市政府，总是不符常态地在开发案后中权益严重受损。市议员说这类官民联合开发案许多重要关键内容，在马英九及接替他担任台北市长的郝龙斌时期被列为机密，包括监督市府的议员及媒体都不得与闻。2014年击败国民党候选人当选台北市长的柯文哲，选举期间即宣布将把这些案件机密解除及进行调查，并得到台北市民广泛支持而当选，而其当选后也随即指派廉政委员会进行调查。据台北市廉政委员会对大巨蛋案的调查报告指出，按相关法律规定远雄集团取得台北市政府提供的土地应付出权利金，但在台北市政府与远雄集团签约时，是由马英九及李述德决定不收此一权利金。